La Grille en lutte contre la grippe aviaire

Au cours du mois d'avril, à l'aide de la grille de calcul européenne EGEE, des laboratoires asiatiques et européens ont analysé 300000 composants de médicaments potentiels pour le traitement du virus de la grippe aviaire H5N1.

L'objectif était de trouver de nouveaux inhibiteurs potentiels de la neuraminidase de sous-type N1, enzyme localisée à la surface du virus de la grippe aviaire. Utiliser la Grille pour identifier les molécules les plus prometteuses destinées aux essais biologiques permet d'accélérer le processus de développement de nouveaux médicaments pour combattre ce virus.

L'enjeu de cette recherche in silico repose sur l'identification des molécules (molécules actives des médicaments potentiels ou «ligands») qui peuvent s'amarrer sur les sites actifs des enzymes du virus pour inhiber son action. Pour étudier l'impact de petites mutations sur l'efficacité des médicaments, la probabilité d'accrochage d'un large éventail de composés chimiques sur la même neuraminidase a été calculée en faisant légèrement varier la structure de cette dernière. Grâce à cette recherche in silico, les chercheurs peuvent prédire quels composés chimiques sont les plus actifs pour bloquer l'action des neuraminidases en cas de mutations.

Le processus de recherche de nouveaux médicaments est grandement accéléré avec l'utilisation des infrastructures d'EGEE et des grilles qui lui sont associées. Au cours du mois d'avril, le calcul des probabilités d'ancrage de 300000 composés chimiques sélectionnés sur huit structures différentes de la neuraminidase de sous-type N1 a mobilisé environ 2000 ordinateurs dans le monde entier, soit l'équivalent de 100 années de calcul sur un ordinateur classique. Plus de 60000 fichiers représentant 600 gigaoctets ont été créés et stockés dans une base de donnée. Des composés chimiques potentiels pour lutter contre la grippe aviaire sont maintenant identifiés et classés.

«Cette technique permet de gagner du temps dans la recherche en chimie médicale afin de faire face plus efficacement à des menaces à grande échelle, explique Ying-Ta Wu, biologiste au Centre de recherches de génomique de l'Academia Sinica à Taipei. De surcroît, nous pouvons focaliser nos analyses biologiques en laboratoire sur les composants les plus prometteurs, ceux dont on espère le meilleur impact.»

Cette application de la Grille à la découverte de molécules contre le virus de grippe aviaire a été conjointement menée par une collaboration internationale.